C'est d'ailleurs le paradoxe puisque malgré un net essor du tourisme dans la région, la desserte de Maroantsetra demeure insuffisante.
Il est cependant possible de prendre une correspondance depuis d'autres villes de la Côte-Est comme Toamasina, Sambava et Antalaha.
Par ailleurs, l'aérodrome de Maroantsetra (Vue aérienne ci-dessus) ne peut accueillir que les petits porteurs comme les avions ATR et Twin-Otter.
Voie Terrestre
Par voie terrestre, seules les voitures 4x4 parviennent à destination en raison de routes quasiment impraticables.
Voie Maritime
Par voie maritime, il est possible de rejoindre Maroantsetra à bord des caboteurs depuis Toamasina, l'Ile Sainte-Marie, Antalaha, Samabava et Mananara-Nord.
Vers Masoala et Nosy-Mangabe
Une fois à Maroantsetra, plusieurs hôtels proposent le transport pour rejoindre la presqu'île de Masoala et la réserve spéciale de Nosy-Mangabe.
Les voyageurs pourront également trouver un moyen de transport dans le centre-ville.