Le nom Masoala proviendrait de la contraction de "Maso Hoala" (baie sacrée) ou encore de "Maso Ala" (l'oeil de la forêt). Ces deux versions prennent tout leur sens quand on sait que la presqu'île de Masoala constitue un des 34 points chauds de la biodiversité mondiale. L'Unesco vient d'ailleurs d'inscrire (le 27 juin 2007) cinq parcelles du parc sur sa liste du patrimoine mondial.
Avec ses 230 000 ha, le Parc Masoala est le plus grand parc national de Madagascar. La région est exceptionnelle en terme de biodiversité globale. La moitié des espèces de plantes de Madagascar est observée dans les forêts autour de la baie d'Antongil.
Le parc Masoala protège une très grande partie des forêts humides restantes (un quart de la forêt pluviale de basse altitude de Madagascar) et quelques récifs coralliens sur et autour de la presqu'île.