Les premiers hommes atteignirent le Nord-Est de Madagascar il y a 1500 ans seulement. Ainsi, dans les régions des hauts plateaux de Madagascar, l'angle nord-est des maisons traditionnelles est sacré et associé au culte des ancêtres.
Plus tard au XVIIe siècle, Madagascar devint la base de certains pirates tels Captain Kidd, Thomas Tew et Henry Avery. Non loin de Maroantsetra, la ville de Rantabe connue sous le nom de "Baie Ranter" en Europe devint une forteresse de pirates comme James Plantain.
Au XVIIIe siècle, Ratsimilaho ancêtre de la tribu Betsimisaraka, s'établit comme le chef des villages de la baie d'Antongil. Selon l'historien Mervyn Brown, il serait le fils du pirate britannique Thomas White.
Ratsimilaho aurait pris le contrôle de plusieurs villages en 1720 et fût élu roi des peuples du nord (Antavaratra, Tsioka et Antatsimo) aujourd'hui appelés Betsimisaraka (les nombreux inséparables).
L'influence du clan "Zafirabay" (originaire de la région de Sakalava au nord- ouest) sur la région de Maroantsetra a été forte. Ainsi, la vente de Nosy Mangabe aux français en 1732 fût effectuée par un souverain des Sakalava.
Maroantsetra, fut créée par des français sous le nom de Louisbourg et son port portât le nom de Port-Choiseul en honneur à celui qui dirigeait la destinée de la France du temps de Louis XV. La ville connut un développement soutenu durant la présence du Baron Benyovszky. (voir dossier complet)
Au début du XIXe siècle, le roi de la tribu Merina, Radama 1er contrôlait intégralement le nord-est de Madagascar. Une pierre commémorative demeure visible sur le col entre Maroantsetra et Antalaha, où l'armée de Radama traversa les montagnes de Masoala en 1819. L'endroit se nomme Ambatoledama (Pierre de Radama).
Le nom de Maroantsetra (nombreuses lances) remonterait à cette époque. L'armée de Radama 1er plantait des lances afin de donner l'impression d'une force importante.
Cependant, une autre légende célèbre de la région donne une tout autre origine à l'étymologie du mot Maroantsetra.
Maroe, un esclave arabe débarquant d'Afrique de l'Est s'est échappé pour se réfugier chez les Antimarika. Un conflit éclata entre ce clan et des envahisseurs d'autres régions. Grâce à ses pouvoirs magiques et ses connaissances surnaturelles, Maroa repoussa les assaillants. Le nom du territoire reconquis par Maroe devint Maroantsetra et les habitants se nommèrent les Antimaroa...
La première présence humaine dans la région de Maroantsetra remonterait au VIIIe siècle selon les fouilles de l'archéologue français Pierre Vérin.
Madagascar alimenta de nombreuses légendes en Europe suite à l'expédition de Marco Polo au XIIIe siècle mais ce n'est qu'en 1500 que le premier navire portugais serait parvenu à Madagascar.
La Baie d’Antongil fût découverte par les Portugais en 1503 par Diego Fernandez Peteira. Au XVIIe siècle, Antonio Gonçalvès vint s'approvisionner en eau potable et le nom de la baie aurait été donné à cette époque par la contraction du portugais "aguada dantam gonçalvès".
