La végétation de la ville est caractérisée par un fourré d'herbacées discontinues succédée par une strate arborescente importante sur la basse altitude.
Sous le déluge des alizés, la région de Masoala s'est parée d'une forêt primaire sempervirente (toujours verte). Les forêts sont diversifiées avec notamment des forêts humides de basse altitude de moins de 400m.
Dans ces forêts se dressent des arbres majestueux (tel le bois de rose), 50 espèces de palmiers, troncs et branches s'émaillent d'une myriade d'orchidées.
La forêt de haute altitude est drapée de mousses et de lichens, avant de se muer, sur les sommets en un fourré de plantes éricoïdes (proche des bruyères).
Les forêts secondaires sont dominées par le ravinala ("arbre des voyageurs") avec ses palmes en éventail.
Relief & Pédologie
Les escarpements des reliefs de la ville de Maroantsetra ne sont pas importants et très localisés. Autour de la colline de Varingohotra, les plaines sont à perte de vue.
Dans la région de Masoala, le relief est accidenté et caractérisé par des roches cristallines à base granitique. Les différences d'altitude et le caractère accidenté du relief contribuent à la diversité biologique de la presqu'île.
Concernant la pédologie, le podzol est observé un peu partout autour de la ville de Maroantsetra. Le sol noir est l'expression d'une pluie abondante. En contrebas de quelques sommets et le long des fleuves se forment des sols hydromorphes en raison des dépôts alluvionnaires.